Il Museo della Basilica di S. Eustorgio comprende il Cimitero paleocristiano, la sala Capitolare, la sagrestia monumentale dell’antico convento domenicano e la cappella Portinari.
La sala Capitolare è documentata tra gli edifici del convento domenicano sin dal XIII secolo, ed è caratterizzata dalla copertura a volta sorretta da colonne. In essa sono esposti alcuni dipinti e una statua di S. Eugenio, in pietra policroma, della fine del XIII secolo.
La sagrestia monumentale venne costruita nel 1565 e fu dotata poco dopo di armadi in noce, realizzati da un intagliatore milanese su commissione dei fratelli Negroli. Negli armadi sono esposti oggetti di arredo liturgico e preziosi reliquiari che testimoniano la devozione e l’affezione di molte famiglie milanesi al convento domenicano. Molti di questi oggetti, di cui vi è traccia negli archivi, sono purtroppo andati dispersi.