La Collezione permanente del Museo Diocesano Carlo Maria Martini è costituita da ormai quasi mille opere, comprese tra il II ed il XXI secolo, giunte come lasciti, depositi o donazioni, che costituiscono una viva testimonianza della ricca produzione artistica ambrosiana, oltre ad offrire un interessante panorama del gusto collezionistico non solo arcivescovile, ma anche privato.
In continuo e dinamico arricchimento, le collezioni sono attualmente allestite lungo i tre corpi restaurati del secondo chiostro di Sant’Eustorgio.