La sezione dedicata a Lucio Fontana è costituita dall’insieme di due nuclei giunti distintamente al Museo Diocesano, intenzionalmente riuniti ed esposti a testimonianza della straordinaria attività scultorea dell’artista a Milano e nell’ambito dell’arte sacra.
Nel 2000 sono giunti al Museo dalla Veneranda Fabbrica del Duomo i gessi realizzati da Fontana in occasione del concorso indetto dalla medesima nel 1950 per la realizzazione della quinta porta del Duomo di Milano ed il bozzetto al vero della Pala della Vergine Assunta, realizzato nel 1955 sempre per la cattedrale. Ad implementare la collezione di opere di Fontana è giunta nel 2011, in deposito al Museo da Regione Lombardia, la Via Crucis bianca del 1955, concepita dall’artista come parte di un intervento per la cappella della Casa Materna Asili Nido Ada Bolchini Dell’Acqua (Milano, via Cascina Corba).