Gran parte dello spazio espositivo del Museo è dedicato a dipinti, sculture e oggetti di arredo liturgico provenienti dalla Diocesi milanese ed esposti a rotazione: le opere conservate e valorizzate negli spazi museali non sono intrinsecamente legate al luogo di provenienza da uno specifico contesto storico-artistico, né oggetto di devozione locale.
Nel percorso spiccano dipinti di Anovelo da Imbonate, Ambrogio da Fossano detto il Borgognone, Marco d’vOggiono, Giampietrino, Bernardino Campi, Simone Peterzano,Giulio Cesare Procaccini, Carlo Francesco Nuvolone, Pier Francesco Mazzucchelli detto il Morazzone, Stefano Maria Legnani detto il Legnanino, Alessandro Magnasco, Pietro Antonio Magatti e Francesco Hayez per ricordare solo alcuni degli artisti principali.
Alle opere provenienti dal territorio, si aggiungono l’importante deposito dal Museo della basilica di sant’Ambrogio, con pezzi di immenso valore storico artistico quali i frammenti delle porte originarie della basilica e il grande tondo in stucco del X e ancora il ciclo dei quadroni devozionali dell’Arciconfraternita del Santissimo Sacramento, provenienti dal Duomo di Milano, e commissionato nel corso del XVII secolo ai principali artisti dell’epoca, quali Filippo Abbiati , Carlo Preda e Legnanino.